В 2029 году кибернетические протезы стали обычным делом. Люди меняют руки и ноги на механические, чтобы стать сильнее и быстрее. Майор Мотоко Кусанаги работает в отделе безопасности номер девять. Её команда ищет хакера, скрывающегося под именем Кукловод. Этот преступник остаётся невидимым, а его мотивы непонятны. Расследование заводит в тупик, но майор не сдаётся. Каждая новая улика — это шаг вперёд, хотя ответы всё ещё далеко.