Прошло три десятилетия с момента последней глобальной войны, когда ядерные удары стерли с лица земли прежнюю столицу Японии. На её пепелище вырос Нью-Токио — город-феникс, отстроенный заново. Видимость порядка поддерживается, но за фасадом скрывается режим, всё больше напоминающий старые диктатуры. Любое инакомыслие здесь подавляется быстро и безжалостно.
В секретных лабораториях идут тихие, пугающие эксперименты. Учёные, подчиняясь приказам, исследуют границы человеческой психики, пытаясь выковать из разума новое оружие. Во главе этой программы стоит полковник Сикисима, чьи амбиции в области биологических исследований постепенно приводят его к столкновению с высшими эшелонами власти.
Тем временем по стране, как тень, расползается новое верование. Оно говорит о пришествии существа невероятной силы — Акиры. Его последователи верят, что только он способен вывести Японию из тупика, разрешив все её накопившиеся противоречия.